การบรรจุเป็นส่วนสำคัญของเครื่องปฏิกรณ์ชีวภาพซึ่งมีผลต่อผลการบำบัดและการควบคุมการทำงานของเทคโนโลยีดังนั้นจึงเป็นเรื่องสำคัญมากในการเลือกบรรจุภัณฑ์ที่เหมาะสมสำหรับเครื่องปฏิกรณ์ไบโอฟิล์ม รูปทรงของฟิลเลอร์ที่มักใช้ในอดีต ได้แก่ รังผึ้งมัดลูกฟูกรัศมีวงกลมโล่ตาข่ายทรงกระบอกเม็ดเล็กปกติและเม็ดละเอียดไม่สม่ำเสมอเป็นต้นข้อมูลผลกระทบจะถูกเลือกโดยทั่วไปยกเว้นฟิลเลอร์แบบเม็ด FRP, PVC, โพลีโพรพีลีน, ไวนิลเป็นต้นเนื่องจากปัจจัยด้านการผลิตและเศรษฐกิจ
ในปัจจุบันฟิลเลอร์ที่เลือกใช้ ได้แก่ ฟิลเลอร์รังผึ้งพลาสติกหรือพลาสติกเสริมใยแก้ว, ฟิลเลอร์หยักสามมิติ, ฟิลเลอร์ไฟเบอร์อ่อน, ฟิลเลอร์กึ่งอ่อน, ฟิลเลอร์พลาสติกหรือพลาสติกเสริมใยแก้ว พื้นผิวเรียบอัตราการยึดเกาะของฟิล์มชีวภาพไม่ดีและอายุง่าย และโดยปกติจะใช้งานง่าย เกิดการอุดตันของฟิลเลอร์ สถานะการไหลของการไหลของน้ำในฟิลเลอร์อ่อนไม่ใช่ความทะเยอทะยานและง่ายต่อการควบแน่นโดยฟิล์มจุลินทรีย์ส่งผลให้เกิดปรากฏการณ์ balling ซึ่งจะช่วยลดปริมาตรพื้นผิวที่มีประโยชน์ลงอย่างมากจากนั้นฉากแบบไม่ใช้ออกซิเจนจะเกิดขึ้นภายใน balling ซึ่งมีผลต่อผลการรักษา
รูปร่างของฟิลเลอร์หรือวัสดุกรองเซรามิกส์ที่ทำจากวัสดุตรึงจุลินทรีย์จะกำหนดขนาดของพื้นที่ผิวโดยตรง ภายใต้สถานการณ์ปกติยิ่งปริมาณพื้นที่ของฟิลเลอร์ฟิล์มชีวภาพและวัสดุกรองเดี่ยวมีขนาดใหญ่เท่าใดพื้นที่ผิวจำเพาะก็จะยิ่งเล็กลง ความหนาแน่นสัมพัทธ์มีผลต่อต้นทุนการก่อสร้างและการใช้พลังงานของโครงสร้างการบำบัด ถ้าความหนาแน่นสัมพัทธ์มากขึ้นจำเป็นต้องใช้พลังงานมากขึ้นในการปรับปรุง ในขณะเดียวกันแรงเฉือนไฮดรอลิกที่มากเกินไปส่งผลต่อการตรึงของจุลินทรีย์ ความพรุนและความหยาบของฟิลเลอร์ฟิล์มชีวภาพมีผลโดยตรงต่อการก่อตัวการพัฒนาและความเสถียรของฟิล์มชีวภาพ การเพิ่มพื้นที่ที่เป็นประโยชน์ของฟิลเลอร์และจุลินทรีย์สามารถป้องกันจุลินทรีย์คงที่จากผลของการเฉือนไฮดรอลิกชะลอการสูญเสียจุลินทรีย์ที่เกิดจากการชนกันระหว่างฟิลเลอร์และในระดับหนึ่งจะอำนวยความสะดวกในการปรับปรุงกำลังการถ่ายเทมวล